Το πρόγραμμα περιλαμβάνει εννέα συγκεκριμένες θεματικές περιοχές:

Υγεία
Τρόφιμα, γεωργία και βιοτεχνολογία
Τεχνολογίες Πληροφορίας και Επικοινωνιών
Νανοεπιστήμες, νανοτεχνολογίες, υλικά και νέες τεχνολογίες παραγωγής
Ενέργεια
Περιβάλλον (συμπεριλαμβάνεται η κλιματική μεταβολή)
Μεταφορές (συμπεριλαμβάνεται η αεροναυτική)
Κοινωνικές, οικονομικές και ανθρωπιστικές επιστήμες
Διάστημα
Ασφάλεια.

Η διαχείριση κάθε θεματικής περιοχής θα γίνεται με σχετική αυτονομία, διασφαλίζοντας ωστόσο συνοχή, συνέπεια και κοινές οριζόντιες δράσεις για ερευνητικά πεδία κοινού ενδιαφέροντος.

Το πρόγραμμα προβλέπει τρία μέσα υλοποίησης:

Συνεργατικά Έργα (Collaborative Projects), που θα καλύπτουν από μικρές  εστιασμένες ερευνητικές δράσεις μέχρι μεγάλα ολοκληρωμένα έργα
Δίκτυα Αριστείας (Networks of Excellence), που φέρνουν σε επαφή ερευνητικά ινστιτούτα σε ένα συγκεκριμένο τομέα
Δράσεις Υποστήριξης και Συντονισμού (Coordination and Support Actions), όπως δικτύωση, ανταλλαγές και πρόσβαση σε ερευνητικές υποδομές.

Όσον αφορά τις από κοινού τεχνολογικές πρωτοβουλίες (Joint Technology Initiatives), οι οποίες απορρέουν κυρίως από τις Ευρωπαϊκές Τεχνολογικές Πλατφόρμες, προβλέπεται να χρηματοδοτηθούν τόσο από ιδιωτικές επενδύσεις, όσο και από εθνικούς και κοινοτικούς πόρους (συμπεριλαμβάνονται το Πρόγραμμα Πλαίσιο και η Ευρωπαϊκή Τράπεζα Επενδύσεων).